Etude des interactions entre deux herbicides sur deux souches de la microalgue Tetraselmis suecica par analyse RNA-seq
Le projet EMIHP (financement DS Politique de Site 2017-2018) vise à étudier les interactions entre deux herbicides/antifouling (diuron et irgarol) et leur cible, le photosystème II (PSII), sur deux souches de la microalgue Tetraselmis suecica, une souche sauvage (Tetraselmis wild, W) et une souche résistante au diuron (Tetraselmis mutant, M).
Simple
- Title
-
Etude des interactions entre deux herbicides sur deux souches de la microalgue Tetraselmis suecica par analyse RNA-seq
- Date (Creation)
- 2017-10-13
- Citation identifier
- FR-330-715-368-00032-IFR_BIOINFO_EMIHP_2017
- Abstract
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Le projet EMIHP (financement DS Politique de Site 2017-2018) vise à étudier les interactions entre deux herbicides/antifouling (diuron et irgarol) et leur cible, le photosystème II (PSII), sur deux souches de la microalgue Tetraselmis suecica, une souche sauvage (Tetraselmis wild, W) et une souche résistante au diuron (Tetraselmis mutant, M).
- Credit
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Ifremer - Laboratoire Ecotoxicologie
- Point of contact
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Organisation name Individual name Electronic mail address Role IFREMER
Publisher IFREMER
Rossana Sussarellu
Author
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GEMET - INSPIRE themes, version 1.0
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Habitats et biotopes
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Thèmes Sextant
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/Milieu biologique/Bio-Informatique
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Type de jeux de donnée ODATIS
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/Séquences
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ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names
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Bioinformatique
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- Use limitation
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Conditions inconnues
- Access constraints
- Restricted
- Use constraints
- Restricted
- Language
- Français
- Character set
- UTF8
- Topic category
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- Environment
- Reference system identifier
- EPSG / WGS 84 (EPSG:4326) / 8.6
- Distribution format
-
Name Version
- OnLine resource
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Protocol Linkage Name NETWORK:LINK
/home/ref-bioinfo/ifremer/be/EMIHP
- Hierarchy level
- Dataset
- Statement
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Les interactions seront étudiées au niveau moléculaire et physiologique. Quatre librairies de mRNA ont été séquencées (soit 1 ligne de HiSeq 3000, 150bp paired-end, Ge-T Toulouse) pour pouvoir déterminer un transcriptome de référence pour cette micro-algue dont on dispose de très peu de ressources génomiques. Les librairies correspondent aux traitements suivants: Tetraselmis wild condition témoin (WT), Tetraselmis wild exposé au mix diuron irgarol (WM), Tetraselmis mutant condition témoin (MT), Tetraselmis mutant exposé au mix diuron irgarol (MT).
Projet EMIHP : Étude Moléculaire des Interactions Herbicides-Protéine
4 librairies RNAseq (HiSeq 3000, 150bp paired-end Ge-T Toulouse) sur la microalgue (Tetraselmis suecica)
Metadata
- File identifier
- 6d61a4dc-0c18-4440-98a6-37a671b6ec95
- Metadata language
- Français
- Character set
- UTF8
- Hierarchy level
- Dataset
- Date stamp
- 2023-07-06T13:09:35.947Z
- Metadata standard name
-
ISO 19115:2003/19139 - SEXTANT
- Metadata standard version
-
1.0
- Metadata author
-
Organisation name Individual name Electronic mail address Role IFREMER
Rossana Sussarellu
Local service desk