Provigas: protection antivirale chez l'huitre crassostrea gigas par le poly(I:C)
Données quantitatives d'expression de gènes acquises par approche RNAseq et séquençage Illumina chez l'huitre creuse (Crassostrea gigas) exposée ou non à une primo-exposition par le poly (I:C) et infectées par le virus OSHV-1 µVar
Simple
- Title
-
Provigas: protection antivirale chez l'huitre crassostrea gigas par le poly(I:C)
- Date (Creation)
- 2016-11-29
- Citation identifier
- FR-330-715-368-00032-IFR_BIOINFO_PROVIGAS
- Citation identifier
- DOI:10.12770/78b72405-f1ca-44a5-ae15-65916de3b2dd
- Abstract
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Données quantitatives d'expression de gènes acquises par approche RNAseq et séquençage Illumina chez l'huitre creuse (Crassostrea gigas) exposée ou non à une primo-exposition par le poly (I:C) et infectées par le virus OSHV-1 µVar
- Credit
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UMR5244 - Interaction Hotes Pathogenes Environnement - Projet région Occitanie PROVIGAS
- Point of contact
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Organisation name Individual name Electronic mail address Role IFREMER
Maxime Lafont
Author IFREMER
Montagnani Caroline
Author IFREMER
Publisher
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GEMET - INSPIRE themes, version 1.0
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Habitats et biotopes
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Thèmes Sextant
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/Milieu biologique/Bio-Informatique
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Type de jeux de donnée ODATIS
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/Séquences
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ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names
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Bioinformatique
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- Use limitation
-
Donnée en accès restreint
- Access constraints
- Restricted
- Use constraints
- Restricted
- Language
- Français
- Character set
- UTF8
- Topic category
-
- Environment
- Reference system identifier
- EPSG / WGS 84 (EPSG:4326) / 8.6
- Distribution format
-
Name Version
- OnLine resource
-
Protocol Linkage Name WWW:LINK-1.0-http--metadata-URL
http://dx.doi.org/10.12770/78b72405-f1ca-44a5-ae15-65916de3b2dd DOI du jeu de donnée
NETWORK:LINK
/home/ref-bioinfo/ifremer/ihpe/provigas
- Hierarchy level
- Dataset
- Statement
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Quality check of total RNA and total RNA integrity was analyzed by capillary electrophoresis (Agilent BioAnalyzer 2100) showing no degradation. mRNAs purification and library construction was performed by MGX (Montpellier Genomix, Institut de Génomique fonctionnelle, Montpellier, France) using the Illumina TruSeq Stranded mRNA Sample Preparation kit according to the manufacturer’s protocol. Libraries were sequenced by MGX in single-end, 50 bp length fragments, using an Illumina HiSeq 2500. All Illumina sequenced reads were aligned to the C. gigas V9 reference genome (Zhang et al. 2012) and 73.9% of reads on average mapped on this genome
Metadata
- File identifier
- 78b72405-f1ca-44a5-ae15-65916de3b2dd
- Metadata language
- Français
- Character set
- UTF8
- Hierarchy level
- Dataset
- Date stamp
- 2023-07-06T10:39:52.123Z
- Metadata standard name
-
ISO 19115:2003/19139 - SEXTANT
- Metadata standard version
-
1.0
- Metadata author
-
Organisation name Individual name Electronic mail address Role IFREMER
Montagnani Caroline
Local service desk