Distribution de Vibrio nigripulchritudo Hautement Pathogène (HP) identifié par multiplex PCR lors d'épisodes de mortalité signalés sur les fermes de L. stylirostris dans le cadre du réseau d'épidémio-vigilance de Nouvelle-Calédonie
La carte présente la distribution de Vibrio nigripulchritudo HP (hautement pathogène) sur les fermes d'élevage de crevette L. stylirostris de Nouvelle-Calédonie. Ces Vibrios ont été isolés par multiplex PCR suite à des épisodes de mortalité signalés au réseau d'épidémio-vigilance de la filière aquacole de Nouvelle-Calédonie.
Simple
- Title
-
Distribution de Vibrio nigripulchritudo Hautement Pathogène (HP) identifié par multiplex PCR lors d'épisodes de mortalité signalés sur les fermes de L. stylirostris dans le cadre du réseau d'épidémio-vigilance de Nouvelle-Calédonie
- Date (Revision)
- 2016-03-02T15:00:00
- Citation identifier
- IFR_NEW_CAL_VIBRIO_NIGRI_HP
- Citation identifier
- DOI:10.12770/b6e603b7-c8c1-4994-8fc2-5a3c5b56e224
- Abstract
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La carte présente la distribution de Vibrio nigripulchritudo HP (hautement pathogène) sur les fermes d'élevage de crevette L. stylirostris de Nouvelle-Calédonie. Ces Vibrios ont été isolés par multiplex PCR suite à des épisodes de mortalité signalés au réseau d'épidémio-vigilance de la filière aquacole de Nouvelle-Calédonie.
- Purpose
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Deux syndromes récurrents menacent la viabilité des élevages de crevettes en Nouvelle-Calédonie. Les méthodes de diagnostic microbiologique ne permettant pas de discriminer la virulence des souches de V. nigripulchritudo, une méthode d'analyse par Multiplex PCR a été développée afin de détecter simultanément les deux pathogènes (V. nigripulchritudo et V. penaeicida) et de déterminer leur pathogénicité. Cette étude a été menée sur des échantillons prélevés entre 2008 et 2010 sur 10 fermes d'élevage localisées sur cette carte.
La carte a été mise à jour en mars 2016 afin d'évaluer la répartition géographique et temporelle des vibrio pathogènes.
- Credit
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Ifremer : Y. Labreuche, L. Pallandre, D. Ansquer, J. Herlin, B. Wapotro, F. Leroux pour l'étude initiale (2007-2010)
- Credit
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Ifremer : V. Boulo, D. Ansquer pour la mise à jour 2011-2015
- Credit
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Centre Technique Aquacole - Adecal : pour les prélèvements 2011-2015
- Status
- On going
- Point of contact
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Organisation name Individual name Electronic mail address Role Ifremer
Boulo Viviane
Local service desk Ifremer
Soulard Benoit
Author Ifremer
Sextant
Publisher Ifremer
Owner
- Maintenance and update frequency
- As needed
-
Thèmes Sextant
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-
/Activités humaines/Activités scientifiques
-
-
GEMET - INSPIRE themes, version 1.0
-
-
Installations agricoles et aquacoles
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- Discipline
-
-
pathologie
-
épidémiologie
-
Vibrio nigripulchritudo
-
NewCaledonia
-
- Theme
-
-
biologie marine
-
organisme pathogène
-
-
Sous-regions marines
-
-
/Outre-mer/Nouvelle-Calédonie
-
- Access constraints
- Copyright
- Access constraints
- Other restrictions
- Use constraints
- Restricted
- Other legal constraints
-
Obligation de citation : Labreuche et al. 2011. "Pathotyping of Vibrio Isolates by Multiplex PCR Reveals a Risk of Virulent Strain Spreading in New Caledonian Shrimp Farms". Microb Ecol (2012) 63:127-138
- Use limitation
-
Utilisation pour la recherche uniquement
- Spatial representation type
- Vector
- Denominator
- 50000
- Language
- Français
- Character set
- UTF8
- Topic category
-
- Biota
- Begin date
- 2007-07-01
- End date
- 2015-12-31
- Reference system identifier
- EPSG / RGNC91-93 / Lambert New Caledonia (EPSG:3163) / 7.9
- Topology level
- Geometry only
- Geometric object type
- Point
- Geometric object count
- 16
- Distribution format
-
Name Version ESRI Shapefile
10.1
- OnLine resource
-
Protocol Linkage Name OGC:WMS
https://sextant.ifremer.fr/services/wms/nouvelle_caledonie IFR_NEW_CAL_VIBRIO_PATHOTYP_NIGRIHP_2007_2015
OGC:WFS
https://sextant.ifremer.fr/services/wfs/nouvelle_caledonie IFR_NEW_CAL_VIBRIO_PATHOTYP_NIGRIHP_2007_2015
FILE
IFR_NEW_CAL_VIBRIO_PATHOTYP_NIGRIHP_2007_2015
WWW:LINK
http://archimer.ifremer.fr/doc/00063/17398/15169.pdf Pathotyping of Vibrio Isolates by Multiplex PCR Reveals a Risk of Virulent Strain Spreading in New Caledonian Shrimp Farms
- Hierarchy level
- Dataset
Conformance result
- Title
-
Inspire specifications
- Date (Creation)
- 2012-01-16
- Explanation
-
Non évalué
- Pass
- Statement
-
Données obtenues lors d'analyses par Multiplex PCR suite à des épisodes de mortalité signalés sur les sites d'élevage de L. stylirostris dans le cadre du REC.
Une première version de la donnée créée le 20/01/2012 était disponible dans Sextant, avec l'ensemble des souches isolées, dates de prélèvements,etc.
Pour faciliter la lecture, ces informations ont été synthétisées dans cette nouvelle donnée, avec une colonne par année et la codification suivante :
D : détecté
ND : non détecté
NR : non recherché
Les histogrammes sont à lire de bas en haut pour les années 2007 à 2015.
Concernant la méthode d'analyse, il est important de préciser que pour l'espèce V.nigripulchritudo, la méthode utilisée permet de distinguer de façon spécifique les souches type "syndrome d'été" présentant un pathotype moyennement pathogène (MP) et celles de pathotype hautement pathogène (HP).
Par contre, cette technique ne permet pas de différencier les souches non pathogènes et les souches pathogènes "hors syndrome d'été", définies ici comme Non Typées (NT).
Enfin, les cultures bactériennes, réalisées par le CTA dans le cadre du REC, ne sont pas systématiquement analysées en multiplex PCR.
Metadata
- File identifier
- b6e603b7-c8c1-4994-8fc2-5a3c5b56e224
- Metadata language
- Français
- Character set
- UTF8
- Hierarchy level
- Dataset
- Date stamp
- 2020-06-04T00:32:31
- Metadata standard name
-
ISO 19115:2003/19139 - SEXTANT
- Metadata standard version
-
1.0
- Metadata author
-
Organisation name Individual name Electronic mail address Role Ifremer
Soulard Benoit
Author