Séquences environnementales TATOO (ONT)
Un volet du projet TATOO (Taxonomie et toxicité du genre Ostreopsis en Polynésie Française), visait à utiliser le séquençage in situ par la technologie ONT (Oxford Nanopore Technology) pour vérifier l'intérêt et l'applicabilité de cette méthode pour détecter des dinoflagellés toxiques à Un niveau taxonomique suffisant, à partir d'amplicons longs (>5 kb) produits à partir d'échantillons environnementaux ("metabarcoding avec séquences ONT")
Simple
- Title
-
Séquences environnementales TATOO (ONT)
- Date (Creation)
- 2019-11-08
- Date (Publication)
- 2020-06-15
- Citation identifier
- FR-330-715-368-00032-IFR_BIOINFO_SEQ_ONT_ECHANT_ENV_TATOO
- Abstract
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Un volet du projet TATOO (Taxonomie et toxicité du genre Ostreopsis en Polynésie Française), visait à utiliser le séquençage in situ par la technologie ONT (Oxford Nanopore Technology) pour vérifier l'intérêt et l'applicabilité de cette méthode pour détecter des dinoflagellés toxiques à Un niveau taxonomique suffisant, à partir d'amplicons longs (>5 kb) produits à partir d'échantillons environnementaux ("metabarcoding avec séquences ONT")
- Credit
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IFREMER, Laboratoire Environnement Ressources de Bretagne Occidentale (LERBO)
- Point of contact
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Organisation name Individual name Electronic mail address Role IFREMER
Chomerat Nicolas
Author IFREMER
Publisher
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GEMET - INSPIRE themes, version 1.0
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Habitats et biotopes
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Thèmes Sextant
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/Milieu biologique/Bio-Informatique
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ODATIS aggregation parameters and Essential Variable names
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Bioinformatique
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- Use limitation
- CC-BY-NC-ND (Creative Commons - Attribution, Pas d’utilisation commerciale, Pas de modification)
- Access constraints
- License
- Use constraints
- License
- Language
- Français
- Character set
- UTF8
- Supplemental Information
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Echantillons collectés à Moorea les 29 et 30 octobre 2019. Extractions d'ADN environnemental le 31 octobre 2019.
Séquençage par MinION en novembre 2019.
- Reference system identifier
- EPSG / WGS 84 (EPSG:4326) / 8.6
Spatial representation info
Spatial representation info
- Distribution format
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Name Version
- OnLine resource
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Protocol Linkage Name NETWORK:LINK
/home/ref-bioinfo/ifremer/lerbo/TATOO
- Hierarchy level
- Dataset
- Statement
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A partir d'ADN environnemental collecté, extrait par kit Qiagen Power Soil, des amplifications spécifiques des eucaryotes Alvéolés ont été réalisées. Chaque échantillon de communauté a été taggé par ligation (ONT Native barcoding) pour séquençage multiplexé. Après préparation de librairie ONT, séquençage par MinIon 1D pour récupérer les donneés raw .fast5
Metadata
- File identifier
- f6c97ef3-833e-458d-bfcb-745d3d56a2f2
- Metadata language
- Français
- Character set
- UTF8
- Hierarchy level
- Dataset
- Date stamp
- 2024-02-28T15:31:19.727Z
- Metadata standard name
-
ISO 19115:2003/19139 - SEXTANT
- Metadata standard version
-
1.0
- Metadata author
-
Organisation name Individual name Electronic mail address Role IFREMER
Chomerat Nicolas
Local service desk