La baie des Veys a été choisie comme site pilote pour le développement des outils de modélisation. Ce choix repose essentiellement sur le niveau de connaissances et de données déjà disponibles sur ce secteur. L’année de référence choisie est l’année 2002, année dite « moyenne » en termes de conditions hydro-climatiques et pour laquelle de nombreuses données étaient disponibles pour la validation du modèle. Les données sont de 2002, à l’exception des données de stocks, qui sont les biomasses réelles de l’année 2000, mesurée sur les concessions d’élevages uniquement.
Le modèle hydrodynamique utilisé est le modèle MARS 3D, qui calcule sur une grille régulière les caractéristiques hydrodynamiques (courant et marée) ainsi que le transport de toute substance dissoute ou particulaire (Lazure et Dumas, 2008). Pour représenter le site de la baie des Veys, l'emprise du modèle s'étend entre 49,34° et 49,52° de latitude et entre -0,85° et -1,3° de longitude. Les limites sud et ouest du domaine sont situées à terre. La limite nord a été déterminée de façon à ne pas couper le tourbillon de Barfleur. La résolution du modèle développé pour la baie est de 200 m. La bathymétrie de la baie a été reconstituée à partir d’un assemblage de plusieurs sources de données (Service Hydrographique et Océanographique de la Marine, Parc Naturel Régional des Marais du Cotentin et du Bessin, LERN). Les conditions aux limites océaniques sont fournies par trois emboîtements successifs avec les modèles MARS Manche-Atlantique (4 km de résolution), Manche (2 km) et baie de Seine (500 m). Les autres forçages concernent les conditions atmosphériques (Météo-France), la marée, les apports par les bassins versants (Direction Régionale de l’Environnement, de l’Alimentation et du Logement) et les matières en suspension. A ce modèle hydrodynamique est couplé un modèle biogéochimique de structure NPZD, c’est-à-dire qu’il comprend quatre types de compartiments : Nutriments, Phytoplancton, Zooplancton et Détritus. Les nutriments sont représentés par le nitrate, l’ammonium, le silicate et le phosphate. Le phytoplancton est divisé en trois groupes : diatomées, dinoflagellés et nanoplancton. Il est soumis à la prédation du zooplancton qui comprend deux groupes, le microzooplancton et le mésozooplancton. La mortalité de l’ensemble du plancton ainsi que les fécès du zooplancton entretiennent le compartiment détritique. Cette matière détritique, à travers un processus de reminéralisation, approvisionne le compartiment des nutriments fermant ainsi le cycle des éléments pris en compte (azote, silice et phosphate) dans la colonne d’eau.
Le modèle écophysiologique utilisé est basé sur la théorie des Budgets d’Energie Dynamique (DEB) développée par Kooijman (2000). Des règles mécanistiques simples provenant de connaissances physiologiques permettent de décrire l’acquisition et la distribution d’énergie tout au long du cycle de vie d’un individu en fonction des conditions environnementales (nourriture et température). Les modèles DEB considèrent que l’énergie assimilée est d’abord stockée sous forme de réserves et que ces réserves sont ensuite utilisées pour alimenter l’ensemble des processus métaboliques (maintenance, croissance, développement et reproduction). Pour l’application à l’huître, ce modèle utilise la paramétrisation publiée par Pouvreau et al. (2006) puis améliorée par Bourlès et al. (2009).