Séquences environnementales TATOO (ONT)
Un volet du projet TATOO (Taxonomie et toxicité du genre Ostreopsis en Polynésie Française), visait à utiliser le séquençage in situ par la technologie ONT (Oxford Nanopore Technology) pour vérifier l'intérêt et l'applicabilité de cette méthode pour détecter des dinoflagellés toxiques à Un niveau taxonomique suffisant, à partir d'amplicons longs (>5 kb) produits à partir d'échantillons environnementaux ("metabarcoding avec séquences ONT")
| Data accessChemin d'accès | /home/ref-bioinfo/ifremer/lerbo/TATOO |
| Date(s)Date(s) |
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| Author(s)Auteur(s) | Chomerat Nicolas
(IFREMER)
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| Contact(s)Contact(s) | IFREMER
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| SourceSource |
IFREMER, Laboratoire Environnement Ressources de Bretagne Occidentale (LERBO) |
| LineageGénéalogie |
A partir d'ADN environnemental collecté, extrait par kit Qiagen Power Soil, des amplifications spécifiques des eucaryotes Alvéolés ont été réalisées. Chaque échantillon de communauté a été taggé par ligation (ONT Native barcoding) pour séquençage multiplexé. Après préparation de librairie ONT, séquençage par MinIon 1D pour récupérer les donneés raw .fast5 |
| ConstraintsContraintes |
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| Spatial informationsInformations géographiques |
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