Séquences environnementales TATOO (ONT)
Un volet du projet TATOO (Taxonomie et toxicité du genre Ostreopsis en Polynésie Française), visait à utiliser le séquençage in situ par la technologie ONT (Oxford Nanopore Technology) pour vérifier l'intérêt et l'applicabilité de cette méthode pour détecter des dinoflagellés toxiques à Un niveau taxonomique suffisant, à partir d'amplicons longs (>5 kb) produits à partir d'échantillons environnementaux ("metabarcoding avec séquences ONT")
| Data access Chemin d'accès |
/home/ref-bioinfo/ifremer/lerbo/TATOO
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| Date(s) Date(s) |
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| Author(s) Auteur(s) |
Chomerat Nicolas
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IFREMER
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| Contact(s) Contact(s) |
Ifremer, Scientific Information Systems for the sea
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| Source Source |
IFREMER, Laboratoire Environnement Ressources de Bretagne Occidentale (LERBO) |
| Lineage Généalogie |
A partir d'ADN environnemental collecté, extrait par kit Qiagen Power Soil, des amplifications spécifiques des eucaryotes Alvéolés ont été réalisées. Chaque échantillon de communauté a été taggé par ligation (ONT Native barcoding) pour séquençage multiplexé. Après préparation de librairie ONT, séquençage par MinIon 1D pour récupérer les donneés raw .fast5 |
| Constraints Contraintes |
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| Spatial informations Informations géographiques |
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